У кого-нибудь новый механизм передачи сотрудников при синхронизации работает корректно? Что-то у меня складывается впечатление, что очень всё «сырое».

А можно чуток поподробнее. Кому вы передаете своих сотрудников и на каких условиях?

в ДО 2.1 никогда такого не было

Две базы. ERP и ДО. Между ними интеграция. В последней версии ДО появилась возможность синхронизировать сотрудников. Они передаются из ERP из регистра КадроваяИстория. Если в ERP включено что регл структура предприятия и упр структура предприятия различается, то еще может передаваться справочник ШташноеРасписание. Все бы хорошо, но во первых - как-то странно. Служебные документы при проведении создают элементы справочника Сотрудники. При распроведение документа, сотрудник не исчезает. Как бы пол беды.
Хуже, что при бесшовной интеграции, при передаче реквизита с типом Сотрудник, что-то странное происходит. Вот тут точно еще не разобрался.
Думал может кто уже разбирался.

(2) Версия 3.0.

(2) у меня поиском "Сотрудники" ищется только что-то про учет самочуйствия сотрудников (ДО 2.1)

"что-то странное происходит" а конкретнее? Если справочник Сотрудников задваивается, надо смотреть, из-за чего это происходит. Скорее всего сотрудник передается не по коду или УИД, а по набору данных и этот набор в ДО и ЕРП имеет различие в типах, поэтому сотрудник не опознается и дублируется.
P.S. там еще бывала засада, чтоб при передаче вместо справочника Сотрудники передавался справочник ФизЛица, и из-за этого могли возникнуть рассогласования.

(6) Сотрудники там вообще не УИД передаются. Это отдельная головная боль. Там связка по физлицо+должность+подразделение, и похоже теперь еще дата начала и дата окончания работы на позиции. Т.е. если вы перевели сотрудника с 1 ставки на 0.5 ставки, в ДО будет создан новый сотрудник, т.к. у него сменился период работы на позиции. Пока такое впечатление складывается.

А, еще фишечка. Если по сотруднику появился хотя бы один кадровый документ, то вручную поменять что-то по сотруднику нельзя.
Вот сейчас разбираюсь, почему при сквозной интеграции система пишет тоже самое. Мол сотрудники в ручную не редактируются.

(4) У нас не 3-ка, но налицо стремление 1С передавать все изменения через интеграцию, а не "старую" синхронизацию (в 3-ке уже не использовалась, вроде).
В ERP и ЗУП КОРП приходится выкашивать часть этого сна разума, ибо при изменении пользователя/сотрудника интеграция пытается синхронизировать Подразделение->Руководитель подразделения->Подразделение и т.д. по цепочке, что в общем-то излишне и при определенных ситуациях может вызвать зацикливание.
Поэтому, в расширении в секцию #Удаление заключаем все, что неприемлемо в данном случае.

Мы допиливали обмен/бесшовку, делали синхронизацию пользователей, физлиц и сотрудников по email
Понятно сначала его сделали обязательным (и уникальным да) и в ЕРП и в ДО
Это оказалось самым простым и вполне надежным методом