Пытаюсь задать програмно отбор для элемента табличной части, но как я понял он конфликтует с сохраненными настройками пользователя?    

НовыеПараметрыВыбора = Новый ФиксированныйМассив(МассивПараметровВыбора);
Элементы.СвойстваСвойство.ПараметрыВыбора = НовыеПараметрыВыбора;

Т.е. так просто я отбор не задам? как вариант создавать свою форму выбора в расширении и у дин. списка ставить галку "автоматически не сохранять настройки пользователя."  сложновато как-то выходит может проще можно?

УстановитьОграниченияИспользованияВОтборе()

проектируйте так чтобы в пользовательских были отключены фиксированные

ну это стандартный справочник ЗначенияСвойств. попробую открывать программно форму подбора.

Сделал через массив Ссылок - вроде он сам как-то понимает что надо ставить вид отбора "в" а не "="     

МассивПараметровВыбора.Добавить(Новый ПараметрВыбора("Отбор.ссылка", м));