Имеем организацию, состоящую из Центрального офиса и 2 филиалов Филиал1, Филиал2.

Есть, соответственно, 1 база 1с документооборот. В ней нарезаются задачи пользователям и Центральный офис ведет регистрацию документов (входящие, исходящие).
Так сложилось, что филиалы пока еще не перевели регистрацию своих входящих/исходящих в 1с документооборот.

Хочу перевести.

Есть ли смысл создавать для филиалов отдельные организации? Из описания учета по организациям с ИТС смысла не вижу, но может я чего-то не понял ...

(0) А типовая синхронизация и/или бесшовная интеграция планируется? Если да, то смотреть как на той стороне это, если КОРП какой нибудь, и филиалы на отдельном балансе, то и заведены они отдельными организацями, то и в ДО также желательно

(0) Нет, делай на подразделениях
Зачем отдельные организации?
Есть смысл только когда иные юр.лица или хотя бы обособки с разным КПП