Могу ошибаться, но раньше в Выгрузить конфигурацию в файлы была кнопка "Настроить" и была возможность отобраться по подсистемам. Сейчас такого не наблюдаю. Её спрятали или совсем убрали?

Даже через командную строку можно было, пример нашел, правда не тестировал еще, а мышкой в конфигураторе не найду.
1cv8.exe DESIGNER /F "ПутьКБазе" /N "Логин" /P "Пароль" /DumpConfigToFiles "C:\OutDir" -Subsystem "ИмяВашейПодсистемы"

(0) вы не путаете с опцией "настройка поставки", где можно включать/выключать для формирования, как правило, файла обновления?

(2) не знаю возможно

(0) Да, отключили по умолчанию. Через настройку панелей инструментов можно вернуть ее.