Столкнулся с такой ситуацией, выдаёт ошибку о том, что по организации не хватает остатка при проведении реализации, но до этого несколько десятков реализаций так провелись в минус,
раньше работало так, что делаешь реализации, после оформляешь передачи по дням, но когда реализаций становится больше ~10-15, то он начинает жаловаться на остатки по организации(хотя по интеркомпани, остаток присутствует)
Это ограничение по интеркомпани, или всё же что-то не донастроено, или баг?)

(0) частое редактирование документов задним числом приводит к перекосам учета в разрезе гтд. там минуса достаточно легко генерятся и ловятся алгоритмом автоподбора гтд. на выходе получаем ошибку минусового остатка по организации, хотя в целом остатка полно.
либо отключайте контроль остатка по организациям и сажайте человека на закрытие месяца, либо учите людей работать.

(0) >>Это ограничение по интеркомпани, или всё же что-то не донастроено

Ограничения, кроме специфических аналитик аля ГТД - банально, остатки других организаций. Вы же в такие моменты можете посмотреть, какие остатки организаций у вас остались? Возможно, те что остались - принадлежат организациям, которые не участвуют в интеркампани. Потом, могут быть еще расхождения по аналитикам (к примеру, некогда была другая политика учета серий, а потом тупо вкорячили другую у той же номенклатуры, и привет, остался остаток организаций, который алгоритм списания уже не видит), которые не выбираются, пока остаток не приближается к нулю. Сделайте копию базы, возьмите проблемную SKU и попробуйте продать ее в 0.