Добрых суток,

Есть фирма , занимается ведением бухгалтерии и у них разные базы с разными версия 1с.

Недавно началось, у рандомных БД растет файл tableChanges.dat.

В чем может быть проблема?

Отключите великолепнейший полнотекстовый поиск данных
Если он все же нужен, то отключите его, очистите индексы, включите снова, обновите индекс, запускайте пользователей
Делать такое после каждого обновления конфигурации и/или платформы

(1) ок, благодарю
https://www.online-ufa.ru/content/articles/size-index-database-1c/

Какая версия платформы? 1с выпускала обновление, как раз исправляющее эту проблему, возможно,  нужно обновиться