Без доработок можно в типовой версии реализовать закрытие 25 счета в налоговом учете только на 20 счет? По-умолчанию закрывает часть 23 счет, при этом в бух учет закрывается все на 20

хотя нет, часть по БУ тоже уходит на 23 счет

Получилось?
По идее не должно бы. Ведь по своей сути 20,23 и 29 равноценны, т.е. их мысленно можно считать субсчетами одного счёта прямых затрат.

(2) нет, типовой код ломать такое себе.
плюсом появились свои хотелки при закрытии. Пилим свой документ

(3) Понятно... Мысленно назовите свой новый документ "ФИО ГБ 1". Закрытие счетов - субъективно, дело вкуса ГБ. Придёт новая и уже легче будет для неё варганить "ФИО ГБ 2"

Хотя... может к тому времени либо шах, либо ишак, либо Ходжа )