Дело вкуса. Предпочитаю KDiff3.
Вообще где-то попадалось сравнение, куски кода разные программы анализировали по-своему. На одном образце одна программа лучше себя показывала, на другом - другая.
Чтобы обнаруживать ошибки, программист должен иметь ум, которому доставляет удовольствие находить изъяны там, где, казалось, царят красота и совершенство. Фредерик Брукс-младший