Пробую в стандартной обработке "Поиск ссылок на объект" выбрать документ, полностью добавленный в расширении - а не показывает его. Правильно понимаю, что объекты из расширений она не показывает и не ищет по ним? В интернете такой информации не нашёл...

Там скорее всего тип ЛюбаяСсылка и сюда не попадают типы из расширения.