Установил вторую службу 1С сервера на одном физическом сервере, просит вторую лицензию. Так и должно быть? Или, что то не то сделал, на сервере ключ стоит.

Два сервера - два ключа. Логично же

(1) ну нигде этого не сказано.
(0) попробуй по этим мануалам проверить: https://its.1c.ru/db/v8312doc#bookmark:cs:TI000000129
http://catalog.mista.ru/1c/articles/818909/

(1) А работать на одной машине два серверных ключа будут?

Если аппаратный ключ, то одного достаточно.

(0) Оба сервера приложений 1С одинаковой разрядности? Если стоит ключ на 32-х разрядный сервер приложений, а второй сервер приложений 64 разряда, то так и должно быть, ему нужна лицензия на 64 разряда.

Не толкто разрядность одна, но и релиз один. Проф версия 64 бит. При запуске базы со второй службы просит лицензию.

Ключ стоит аппаратный сервера 64 бит.

(2) делал как на ИТС

О какой лицензии идёт речь? О пользовательской или о лицензии на сервер?
Если о лицензии на сервер, то с учетом (7) такого быть не должно.
Два аппаратных ключа одной серии не могут работать на одном физическом хосте.

А что говорит служба поддержки 1С?

Все заработала. Намутил с идентификаторами баз в списке, один идентификатор на двух службах был, заглючил.