Те что территориальные, как установить новую ставку?

имеется ввиду доходы минус расходы

мда... это настройки Организации нужно искать и в них учетная политика. Там точное написание не помню, но еще есть регистр сведений, потому что эту настройку устанавливают как минимум каждый год на год.

(2) Нет в учетной политики ничего где бы ставка менялась. Конфигурация УПП 1.3.140.1

(0)С обновлениями должно было установиться. Если вручную хотите поменять, то ищите в регистрах сведений, название что-то типа "Размеры ставок УСН" или "Тарифы взносов"