1С:ERP Управление предприятием 2 (2.4.9.82)
у нескольких счетов нужно снять галки "Учет по подразделению", возможны-ли при этом какие-то негативные последствия?

Учет по подразделению это же не субконто. Чем оно мешает?

а вообще его возможно отключить по отдельным счетам?

Не вводите его и делов. По моему есть функциональная опция по отключению учета по подразделениям

Не нужно этого делать. Тем более, если с таким вопросом пришли на форум.
Последствия от этого действия будут заметны не в первую секунду, после отключения.

А действовать такая опция будет абсолютно по всем счетам. Даже если в некоторых счетах это отключение фактически не произойдет. Но при работе всех процедур и т.д. - произойдут нежелательные последствия.

Самая простая трактовка - такая детализация отключается сама по себе, если она будет не заполнена совсем или так будет указано какое-то одно значение или значение из фиксированного массива.

А почему вообще возникло такое желание с отключением учета по подразделениям? Просто часто бывает наоборот - конфигурация такого разделителя не дает, а он нужен.