Как вы идентифицируете временные таблицы в профайлере, которые именуются как #tt99?
Например при большом количестве временных таблиц, при том что они меняют имена если их количество меняется в процессе разработки.
Используете ли вы какие то особенные приемы для этого?

Зачем? Они идут в том же порядке, что и в запросе.

Информации, получаемой из Профайлера, гораздо больше, чем ты можешь расшифровать. Ты привыкаешь к этому. Скоро твой мозг сам делает перевод. Я уже даже не вижу код. Я вижу разыменования, виртуальные таблицы и ограничение доступа на уровне записей...

если тебе нужно конкретное место найти, то сделай
выбрать "мояуникальнаяметка" как метка

https://github.com/kuzyara/JobsConsole2019.epf/blob/master/ВнутренняяСтруктураБД.epf

(2) пока что метками делаю где нужно, но хочется с минимальными правками кода

(3) вопрос совсем в другом

Никак. Но если очень надо, можно прибегнуть к ухищрениям. Например, так:

Процедура ВыделитьЭтуЧертовуВременнуюТаблицу(Запрос)

    // Запрос - запрос с инициализированными параметрами
        
    СхемаЗапроса = Новый СхемаЗапроса;
    СхемаЗапроса.УстановитьТекстЗапроса(Подзапрос.ТекстЗапроса);
    
    // Каждый пакет выполняем отдельно
    Для каждого Подзапрос Из СхемаЗапроса.ПакетЗапросов Цикл
        
        Если ТипЗнч(Подзапрос) = Тип("ЗапросВыбораСхемыЗапроса") Тогда
            ТекстЗапроса = Подзапрос.ПолучитьТекстЗапроса();
            ИмяВТ = Подзапрос.ТаблицаДляПомещения;
        Иначе    
            ТекстЗапроса = "УНИЧТОЖИТЬ " + Подзапрос.ИмяТаблицы;
            ИмяВТ = "";
        КонецЕсли;
        
        Если ИмяВТ = "МояДолгожданнаяТаблица" Тогда
            А = 1; // Точка останова, после которой запускаем трассировку        
        КонецЕсли;
        
        Запрос.Текст = ТекстЗапроса;
        Запрос.Выполнить();
        
        Если ИмяВТ = "МояДолгожданнаяТаблица" Тогда
            А = 1; // Точка останова, после которой останавливаем трассировку        
        КонецЕсли;
        
    КонецЦикла;    

КонецПроцедуры

выполнив через отладчик, можно получить трассировку без "всего лишнего"

+(6) конечно, такие финты ушами лучше прикручивать к консоли запросов. Если есть возможность писать ТЖ, то можно доработать типовую консоль запросов с сайта ИТС, чтобы она записывала и читала ТЖ при выполнении определенного куска запроса. Доработки там на пару часов