Допустим, обработку положили в "доп. обработки и отчеты". Теперь хочу запустить какую-либо из ее команд при старте системы, именно от клиента. И вот тут запнулся. Модуль управляемого приложения только на клиенте, а все методы БСП "Дополнительные отчеты и обработки" просят в параметре ссылку на обработку. В частности "ВыполнитьКоманду()":
Параметры

   ПараметрыКоманды - Структура - параметры, с которыми выполняется команда.
       * ДополнительнаяОбработкаСсылка - СправочникСсылка.ДополнительныеОтчетыИОбработки - элемент справочника.
       * ИдентификаторКоманды - Строка - имя выполняемой команды.
       * ОбъектыНазначения    - Массив - ссылки объектов, для которых выполняется обработка. Обязательный для
                                         назначаемых обработок.

Как мне получить эту ссылку на клиенте, кто подскажет?

Да пусть даже это не БСП, а просто встроенная в конфу обработка.

(1) Для встроенной в конфу обработки можно тупо перейти по навигационной ссылке.
Для внешней придется делать вызов сервера из общего модуля с вызовом сервера.

Добавь расширение, в котором вставь свою обработку и добавь форму обработки в начальную страницу. Недавно так делал.

"Модуль управляемого приложения только на клиенте" // А что, дернуть оттуда сервер нельзя?