Утром получил из хранилища справочники которые вчера добавлял в базу и заполнял их

сравнение с конфигурацией БД не видит этих справочников в базе
но они есть - заполненные

https://dl.dropboxusercontent.com/s/txa7nj1vfhdyvat/2019-07-09_06h35_03.png?dl=0

чистка кэша на рабочей машине помогла

Я помню, при интенсивной работе в разработке с использованием хранилища, приходилось практически каждый день кэши вычищать
И кроме того всякие манипуляции совершать... именно из-за наличия хранилища. А в почасовку весь этот гемор отказывались принимать, хотя на все такое это уходило до двух часов в день.

(2) Никаких проблем с хранилищем не имел за годы работы. Проблемы возникали только из-за кэша. А их избежать очень просто - на рабочей копии никаких динамических обновлений (так они там и не нужны), а продакшн никогда "руками" не редактировать - это минимизирует риски покоцать рабочую базу даже при сбойном кэше. Наоборот - наличие хранилища несколько раз выручало при проблемах с конфой из-за сбойного кэша и динамических обновлений (в комбинации эта смесь бывает весьма взрывоопасна).