Есть документ с табличной частью(реквизиты номенлатура,количество) , как в запросе получить для каждого документа номенклатуру через запятую ?

в запросе - никак

(0) Это вам не СКД.
Разве что только так, а потом допиливать:
ВЫБРАТЬ
    МойДокумент.Ссылка,
    МойДокумент.ТабЧасть.(
        Номенклатура,
        Количество
    )
ИЗ
    Документ.МойДокумент КАК МойДокумент

(2) для СКД надо , как в СКД  ?

Вычисляемое поле Массив, например, затем его в ресурс, а далее группировка (настройками СКД по Документу)