После сканировании номенклатуры в РМК активно для ввода поле количество. Можно ли настройками убрать это? Вроде в старых релизах такого не было.

(0) нет, это не убрать, с недавних пор это стало "стандартным поведением конфигурации". У 1С записано как пожелание на изменение. Это можно, например, убрать с помощью расширения, чтобы не менять конфу.