Платформа 8.3.9, обычные формы, УПП и прочие ЗУП. Часть форм довольно сложная, и при открытии документ уже модифицирован.

Есть ли способ, отличный от расстановки точек останова в начале и конце каждой процедуры и функции?

Можно просто отладчиком пройтись, это исключит точки останова, но суть та же.

1. Включи версионирование.
2. Запиши объект программно без открытия формы.
3. форму объекта, нажми записать.
4. Открой версии и сравни.
5. Профит.

Я тоже часто сталкивался с такой проблемой. Простого решения не нашел, обычно ставил контрольные точки останова, писал в табло "ЭтаФорма.Модифицированность" и бежал в отладчике построчно, пока в табло не поменяется значение на "Истина".

Если модуль большой, я обычно делаю так, в середине модуля  ставлю сообщить(ЭтаФорма.Модифицированность). Дальше определяю в какой половине происходит нужное событие и уже половине нужную половину, а когда остается небольшой кусочек кода, то отладчик.