Имею БП3.0 и две УТ 10.3.

К сожалению в типовых правилах нет фильтра выгрузки по Подразделению.
А возможно ли сделать программный фильтр в Правилах регистрации обмена, который будет блокировать регистрацию объекта, относительно заданного условия?

Делал не раз через подписку на события. Или изменением штатного механизма регистрации.

(1) Ну очень хочется через правила регистрации извернуться)

(2) в чем проблема? Ну напиши условие в правиле регистрации.