Все нормально работает: видимо в одних файлах cfg в конце есть перевод каретки (HEX: 0D 00 0A 00) в других нет, поэтому получилось в тех где был CRLF лишние пустые строки.
Чтобы обнаруживать ошибки, программист должен иметь ум, которому доставляет удовольствие находить изъяны там, где, казалось, царят красота и совершенство. Фредерик Брукс-младший