Есть справочник организации, добавлен реквизит с таким типом на форму. Юзеры теперь хотят выбирать не одну организацию, а разные комбинации. Как это реализовать?

Тип Список значений со значениями типа Справочник организаций

В любом отборе есть пример,как это выбирается,и наверное,вам отбор и нужен,а он,как говоритсч,из коробки

А как потом запрос изменить, чтобы этот выбранный список фильтровался?

(3) конструктором запросов

А если я сделаю второй реквизит организация2 (а потом третий) и в запросе сравнение "ИЛИ". Так будет работать?

(5) зависит от того, правильно ли ты напишешь код

"разные комбинации" это ТЧ

(5)Через год добавят еще одну организацию и будут программиста приглашать для модификации отчета?