При переходе с ЗУП 2.5 на 3.1 не переносятся пользователи. Может кто объяснить как перенести пользователе?

(0) Справочники пользователи? Или пользователи ИБ?

(0) а как по вашей логике они должны перенестись? там сопоставлять нечего.
Можете просто выгрузить в эксель и грузануть в 3.1 универсальной обработкой

(1) пользователи ИБ

(3) в (2) вам ответ

(0)Так там и роли совсем другие же.. В любом случае руками придётся настраивать, быстрее будет..