Вроде, всё сделали правильно
Счет Дт    Кол.    Количество Дт    Валюта Дт    Вал. сумма Дт    Подразделение Дт    Субконто1 Дт    Субконто2 Дт    Субконто3 Дт    Счет Кт
09                        Расходы будущих периодов            09
97.21                    Основное подразделение    Убыток 2017 года            99.01.1

В январе появилась прибыль, списалась часть суммы с 97.21 (НУ) и 20% от нее 68.04.2                                    77                
        Расходы будущих периодов

А когда 09 счет закроется? Я нашла какую-то тему, что, мол, это настройками определяется в программе, пока не нашла, где.

http://programmist1s.ru/ubyitki-proshlyih-let-v-1s-8-3-buhgalteriya-3-0/ - вот нашла прекрасную статью, там 09 закрывается в январе.

(2) На 97 в налоговом учете должно быть не только НУ но и ВР. В январе при получении прибыли эти ВР тоже должны закрыться и привести к списанию 09.

Есть НУ и ВР с минусом.

Только вместо того, чтобы закрываться 09 - формируется 77

Еще - 97.21 сформирован по подразделению, а закрывается - без.

Ура! В подразделении было дело!!!