Здравствуйте!
Люди будут переходить по ссылке на базу 1с с мобильных устройств, через веб-клиент.

Платформа оповещает, что могут быть проблемы:
https://ibb.co/gam3zc

Проблем быть не должно, но само наличие этого сообщения может отпугнуть человека.

Платформа 8.3.8.1747, apache 2.2.

Возможно есть какие-то параметры запуска, или в GET параметрах на ссылку можно указать что-то?

(0) У тебя есть два варианта -
1. Пропатчить браузер так, чтобы он отдавал такую строку идентификации, которую 1С будет считать строкой идентификации поддерживаемого браузера.
2. Пропатчить 1С так, чтобы она вне зависимости от строки идентификации браузера считала их поддерживаемыми.

Еще третий - поставить между ними проксю, на которой будет меняться строка идентификации браузера.

Первые два - для программиста. Третий - для сисадмина.

(1) Пропатчить браузер у всех потенциальных сотрудников компании не получиться
Пропатчить 1С - звучит сурово)

(2) Прокси между входящим трафиком на веб-сервер и самим веб-сервером? Звучит как анализ трафика, его анализ и подмена данных в пакетах.