Правила обмена в 1 справочник выгрузка может идти по правилам.
Во всех стоит флаг ПродолжитьПоискПоПолямПоискаЕслиПоИдентификаторуНеНашли

В правила обмена его значение тоже выгружается, но когда формируешь файл для выгрузки, то флага уже нет.

Править обработку УниверсальныйОбменДаннымиXML или есть более цивилизованных выход ?

(0) Вот и хрен знает, кого банить за вандализм – тебя или всю 1С.

Такие идентификаторы можно только по укурке придумать.

(1) 1с