Собственно
пробили чек на 50 000, одна позиция оказалась неправильная
типовая УТ не дает сделать частичный возврат, если оплата по карте

в этой ситуации правильная позиция - дороже, поэтому

делаем чек на возврат, но по терминалу не проводим
делаем правильный чек на 51 000 и проводим по терминалу еще одну оплату - 1000

а как быть, если надо меньше? -

Без переписки - никак ибо надо добавлять процедуру возврата денег на карту (теоретически в УТ она есть - практически используется механизм отмены платежа)
А по простому вопрос - зачем? При операции возврата с вас банк берет еще один процент.