1С:Предприятие 8.3 (8.3.10.2667)
Зарплата и управление персоналом, редакция 3.1 (3.1.3.224)

При увольнении сотрудника на закладке "Начисления", попадает строка "Доплата за ночные часы (умерший)", как она туда попадает?

(0) Кто же лучше вас может это знать ?
Нам отсюда не видно каких вы начислений наплодили, кому и что назначили.
Предположу что это после переноса данных из ЗУП 2.5, для точного диагноза мало данных

(1) да, после переноса из ЗУП 2.5

Предположу, что перенос был штатными средствами и вне рабочего времени!

(2) В 2.5 было много своих начислений ?
После перехода крайне желательно свои виды начислений заменить на типовые из 3.1 (для большинства ВР аналоги имеются), а свои пометить как неиспользуемые.

(4) каким образом это сделать? кадровыми перемещениями или как?

(5) я кадровым переводом делал т.к. еще и графики менял

народ, я разобрался
в начислениях не правильный был выбран пункт "Начисления выполняются"

было "Только если введен вид учета времени"
поменял на
"По отдельному документу"