Организация работает на общей системе налогообложения плюс ЕНВД. Счета учета в комплексной настраиваются так, что при продаже со склада будут формироваться проводки только по одной системе налогообложения и если организация с одного и того же склада торгует и оптом (по ОСНО) и в розницу (по ЕНВД), то проводки будут одинаковые, а должны быть разные (по ОСНО 90.01.1, по ЕНВД - 90.01.2). Неужели в комплексной невозможно разделить деятельность при реализации с одного склада???

вроде как должны быть разные склады.

Можно. У меня такая-же ситуация. Настраивал. Без проблем, вроде.

(2)Зачем склады разные? Опять виртуализацю устраивать?

а я вообще не разберусь, что вы хотите