Результат проверки выгрузки - "не указан номер счета-фактуры"
Проваливаемся в документ - это "документ расчетов с контрагентом".

При этом по другим документам расчетов с контрагентом нет ошибок.
Где искать ошибку по данному документу?

(0) где-то должны указываться номер и дата входящего документа. Не тот номер который присваивается автоматически, а тот, который бухгалтер должен ввести при проведении поступления. Вот его - не указали.

проверяйте ваши доки и ищите "номер, дата входящего документа".

Такая же беда за 4 квартал 2016 не можем выгрузить, а в ошибки выдается документы платежек.

Это беда называется отсутствием счетов фактур на аванс скорее всего

(0)
Переход делали с 2.0 на 3.0?