Каким образом выгрузить один вид документа а загрузить другой?

нужно настроить правило конвертации объекта (ПКО)

сразу выгружать в другой вид документа

Или при загрузке в ПОД проводить анализ и выбирать другое ПКО.

Процедура ПОД_Документ_ПоступлениеТоваровУслуг_ПриОбработке ...

ИспользованиеПКО.ПТиУ_ПоступлениеТоваровУслуг             = Ложь;
ИспользованиеПКО.ПТиУ_ПоступлениеДопРасходов              = Ложь;

Если ДанныеXDTO.Свойство("Услуги") Тогда
    Для Каждого Услуги_Строка Из ДанныеXDTO.Услуги Цикл
        Если Услуги_Строка.ЭтоДопРасходы Тогда
            ИспользованиеПКО.ПТиУ_ПоступлениеДопРасходов = Истина;
        Иначе
            ИспользованиеПКО.ПТиУ_ПоступлениеТоваровУслуг = Истина;
        КонецЕсли;
    КонецЦикла;
КонецЕсли;

(2) где указать в какой документ грузить в ПОД при получении данных?

Проще, как в (1)
Отдельное ПКО, в котором источник - один вид документа, приёмник - другой. И усё.

(4) В КД3 в ПОД "Для получения" всего две вкладки. В "Основные сведения" указываем несколько ПКО, в "При обработке" указываем код, например как в (3).