всё уже перепробовал

По физлицам? У меня работают.

Требуется ограничить доступность выбора некоторых подразделений в документах для конкретного профиля.

Всё отлично настраивается но не работает

Открываем "Профили групп доступа" и начинаем редактировать один из них:

Вид доступа                                  Значения доступа
Организации                                Все запрещены, исключения назначаются в группах доступа
Подразделения организаций  Все запрещены, исключения назначаются в группах доступа
Группы физических лиц             Все запрещены, исключения назначаются в группах доступа

Переходим по ссылке "Группы доступа" и открываем ограничения доступа.
Делаю так:

Организации                                Все разрешены, без исключений
Подразделения организаций  Все запрещены, кроме 2 значений
Группы физических лиц             Все разрешены, без исключений

Заданы эти 2 значения подразделений.
Групп физических лиц в нашей базе нет.

Профиль сохраняется, затем входим под пользователем с этим единственным профилем и...не работает наше разграничение.

Что то сделано неправильно или оно вообще пока неработоспособно?

не знаю как в 3.1, но в 2.5:

- Запретов нет в настройках - есть только разрешения.
- Ограничения по подразделениям действуют только на вакансии и кандидатов

2.5 - совсем другая программа