Нужно изменить алгритм соспоставления номенклатуры (например чтобы синхронизация номенклатуры была по наименованию).
Раньше были правила обмена, в которые вносились правки. Сейчас как понимаю обмен через универсальный формат. Как быть сейчас?

модуль с правилами из конфигурации поместить в обработку, которую подключить к узлу.
Поправить код руками.
Либо в КД3 загрузить поправить, выгрузить в обработку.