Очистить можно командой
ОчиститьОкноСообщений().

А вот нужно его не только очистить, но и закрыть.

wsh

ну и попробуй Обновление FormEx. Версия 2.5.0.115.

(0) FormEx
Окна.ПоказыватьПанель("Окно сообщений",0);

А без ВК никак?
Через wsh какие команды надо писать?

сендкейс ctrl+shift+Z

WShell = СоздатьОбъект("WScript.Shell");
WSHShell.SendKeys("^+z");   //имитируем нажатие Ctrl+Shift+Z
WSHShell.SendKeys("^+я");   //для случая, если текущей является русская раскладка клавиатуры  

Проверьте пожалуйста синтаксис (не моя тема).

Проверил, работает. Спасибо.