У меня стоит Штрих-м лайтпост на нам мы пробиваем товар и делаем на него скидку покупателю. Будет ли отображаться скидка когда я прогружаю отчет в 1с?

тебе надо, чтобы скидка в чеке была или в отчете по продажам?

В Штрих-М POS скидки можно создать в режиме администрирования.
После загрузки отчёта в нём скидки будут, но только в графе скидка у соответствующего товара.
Если хочется, чтобы скидки и программы скидок из 1С выгружались в Штрих-М нужно немножко попрограммировать.