Добрый день.
Управление торговлей, редакция 11.1 (11.1.10.167)

Есть возможность Регистрации нулевой цены поставщика.
В документе "Регистрация цены поставщика" такие строки удаляются.

как и где потом отличишь нулевую цену и не заданную?

отличать не нужно.
Делается для того, что бы по выведенной из учета номенклатуры не показывались цены поставщиков, что бы пользователи по ошибке не вводили такой товар в заказ поставщику ( наименования длинные и похожие действующие и нет, пользователи ошибаются.). Если есть другие механизмы, то буду благодарен.