Работаем с базами 1С:
1 - Бухгалтерия КОРП 2.0 (2.0.65.45)
2 - ЗУП 2.5 (2.5.110.1)
из ЗУП выгружаем зарплату сотрудников по подразделениям с аналитикой по статьям затрат в бухгалтерию КОРП. Необходимо привести статьи затрат в Бухгалтерии к соответствию по ЗУП. Сейчас соответствия настроены не правильно. Я думаю нужно сначала подготовить справочник "Статьи затрат" в соответствии с тем, как в ЗУП. Требуется ли корректировать / дописывать алгоритмы выгрузки (обмена) с Бухгалтерией КОРП или сколрректировав справочник статей затрат в бух. - этого будет достаточно ?

нет, нужно читать мануал, а не права курочить. Тем более статьи затрат не переносится из ЗУП

Первое при начале работы с программами, что должно было быть  в синхронизации - это выгрузка из Бухгалтерии КОРП в ЗУП проводки плана счетов и необходимые справочники, а потом уже выгрузка из ЗУП в Бух КОРП. Сделано ли это?

Стесняюсь спросить,а что у всех больше 2-3 статей по зп и налогам.Так смысл то синхронизации всего справочника.
Нет ну может и бывают исключения

(3) Ну может у них затраты разделены типа ФОТ отдела продаж, ФОТ Бухгалтерии