Делал довольно серьезные доработки, захватил много объектов. Пришло время внедрять. Столкнулся со следующими проблемами
1. Перед помещением требуется захват других объектов, которые ни имеют никакого отношения к моим объектам. После захвата этих объектов, требуется захват следующих объектов и т.д.
2. Требуется получение из хранилища одного объекта, который у меня захвачен, и в котором я сделал много доработок

Один работаешь с хранилищем или команда разработчиков?

Примеры. Обсуждать сферического коня можно долго.

Если было удаление, то потребуется корректировка объектов, в составных типах которых этот объект метаданных участвует. Включая Все ссылки

Команда разработчиков.
Допустим захватил и делал изменения в веб-сервисе. Перед помещением этого веб-сервиса, хранилище потребовало его же подтянуть.

(0) 8.2 что ли?

(0)Это нормально, бывает при удалении реквизитов/объектов.
Часто бывает с ролями.

надо чаще делать "Получить конфигурацию из хранилища", чтобы сабж не происходил.
А когда перед помещением требует захватить захваченное, помогает только переподключение к хранилищу, к сожалению.