Подскажите как можно с помощью "универсальный подбор и обработка объектов" выбрать всю номенклатуру у которой единица хранения с GUID="значение" заменить на уже существующий элемент справочника с кодом например №1?

Конфигурация КА 2.0

поиск и замена дублей

А обработкой поиск и удаление дублей не проще будет?

так если у элемента нет единицы хранения?
но сейчас посмотрю...

(1) (2) ребят подскажите, как в данной обработке сделать отбор по несуществующему элементу?

(4) "по несуществующему элементу" - подробнее? Элемент уже удален, а битые ссылки остались!? Может его восстановить, и далее (2)

Если есть ГУИД объекта, то неважно существует или нет сам объект. Но: я бы предложил "восстановить" объект, ибо далее всё делается штатно. Вплоть до повторного удаления этого объекта, уже "освобождённого" от ссылок.