Выяснила что это не как не связано с настройками пользователей. И такой момент. Нашла очень старую обработку которую я не трогала, она тоже не открывается в отдельном окне! Остается один вариант что это на уровне 1с происходит.
В общем все решилось, ппц конечно времени ушло вагон. На объекте внешней обработки не стояло галки "Основной объект"!!!
Чтобы обнаруживать ошибки, программист должен иметь ум, которому доставляет удовольствие находить изъяны там, где, казалось, царят красота и совершенство. Фредерик Брукс-младший