При схлопывании дублей контрагента обработкой с ИТС ПоискИЗаменаДублирующихсяЭлементов.epf есть такой момент: если у нескольких дублей одного контрагента был заведен договор (который по факту 1 для контрагента) то у итогового контрагента будет куча договоров которыет обозначают 1 и тот же. Кто с этим сталкивался и как боролся? Как понять один и тот же это договор или разные?

схлопывай как и контрагенты

(0) Схлопывай тоже.

у договора есть владелец организация и вид

Или у вас по нескольку договоров одного вида (типа отдельно договор за телефон отдельно за интернет)