Автоматически не проставляются коды особых условий труда в разделе 6.8
Штатное расписание и должности организации заполнены.

для наглядного примера:
http://atrika96.nethouse.ru/static/img/0000/0003/2002/32002195.8os1p3ak9x.W665.png
http://atrika96.nethouse.ru/static/img/0000/0003/2002/32002381.o9yqjhisu2.W665.png

Начисления идут правильно.
При проверке выдает информацию что коды должны быть проставлены для этого сотрудника.

Перезаполнял отчёт?

(1)
Штатное расписание и должности организации перепроводили.
Отчет перезаполняли.

(2) должность не та?

(2) есть начисление, которые не являясь видом расчета, которое регистрирует норму времени, учитывается для РСВ?

Проверь на всякий случай сам справочник "Особые условия труда" - у меня там пара записей без кодов появилась однажды. Может быть после очередного обновления или ещё по какой причине - не стал разбираться, просто исправил и всё.

Проблема оказалась с самим отчетом.
Удалил, создал заново - все заработало.