Нужно в запросе выбрать только документы у которых нет подчиненных
ВЫБРАТЬ
    КОЛИЧЕСТВО(СвязанныеДокументы.Ссылка) КАК КоличествоПодчиненных
ИЗ
    КритерийОтбора.СвязанныеДокументы(&Док) КАК СвязанныеДокументы
ИМЕЮЩИЕ
    КОЛИЧЕСТВО(СвязанныеДокументы.Ссылка) = 1

Только &Док нужно массив из всех Документов определенного ТИПА

Пробовал
ВЫБРАТЬ
    КОЛИЧЕСТВО(СвязанныеДокументы.Ссылка) КАК КоличествоПодчиненных
ИЗ
    КритерийОтбора.СвязанныеДокументы КАК СвязанныеДокументы
ГДЕ
    СвязанныеДокументы.Ссылка В
            (ВЫБРАТЬ
                ЗаказКлиента.Ссылка
            ИЗ
                Документ.ЗаказКлиента КАК ЗаказКлиента)
ИМЕЮЩИЕ
    КОЛИЧЕСТВО(СвязанныеДокументы.Ссылка) = 1

Вообще не работает если есть условие ГДЕ

ВЫБРАТЬ
    СвязанныеДокументы.Ссылка КАК Ссылка
ИЗ
    КритерийОтбора.СвязанныеДокументы КАК СвязанныеДокументы
ГДЕ
    СвязанныеДокументы.Ссылка = &Док

ПУСТО, а так есть

ВЫБРАТЬ
    СвязанныеДокументы.Ссылка КАК Ссылка
ИЗ
    КритерийОтбора.СвязанныеДокументы(&Док) КАК СвязанныеДокументы

ну не в цикле же перебирать (