ТекД = новый ТекстовыйДокумент;
    ТекД.Прочитать(ФайлВыгрузки);
    если Найти(ТекД.ПолучитьСтроку(3), "Кодировка=") тогда
        ТекД.УстановитьТекст(3) = "Кодировка=Windows";//не работает
ТекД.ПолучитьСтроку(3)= "Кодировка=Windows"; // не работает
    КонецЕсли;
Прочитался файл, получил нужною строку, а как заменить ее?

(0) Выбирай:
ТекстовыйДокумент
Методы:
ВставитьСтроку (InsertLine)
Вывести (Put)
ДобавитьСтроку (AddLine)
ЗаменитьСтроку (ReplaceLine)
Записать (Write)
КоличествоСтрок (LineCount)
Очистить (Clear)
Показать (Show)
ПолучитьОбласть (GetArea)
ПолучитьСтроку (GetLine)
ПолучитьТекст (GetText)
Прочитать (Read)
УдалитьСтроку (DeleteLine)
УстановитьТекст (SetText)
УстановитьТипФайла (SetFileType)

(1) использовал тоже
ТекД.ЗаменитьСтроку(3) = "Кодировка=Windows";
такая же ошибка, не работает

Чо за ошибка-то?

(2) Читать не умеешь?
ТекстовыйДокумент (TextDocument)
ЗаменитьСтроку (ReplaceLine)
Синтаксис:

ЗаменитьСтроку(<НомерСтроки>, <Строка>)
Параметры:

<НомерСтроки> (обязательный)

Тип: Число.
Номер замещаемой строки.
<Строка> (обязательный)

Тип: Строка.
Замещающая строка.
Описание:

Заменяет строку с указанным номером на переданную.

Доступность:

Тонкий клиент, веб-клиент, сервер, толстый клиент, внешнее соединение.
Пример:

ТекстДок.ЗаменитьСтроку(23, "Строка с исправлениями");

Разобрался, надо было не так
ТекД.ЗаменитьСтроку(3) = "Кодировка=Windows";

а так
ТекД.ЗаменитьСтроку(3, "Кодировка=Windows");

Спасибо

(5) Стаж: 2 года...

(7) как ни странно, сам удивляюсь?

(8) надо не удивляться, а искать ручку и чистый лист бумаги...