В справочнике есть запись - общая для всех организаций и всех контрагентов. Отчего может ставится не тот счет, который нужен? Вместо 62.01 лепится 60.01?

при чем если договор перевыбрать, то счет меняется на нужный

не верный ставится после загрузки данных из другой программы

в правилах в после загрузки прописал:
СчетаУчетаВДокументах.ЗаполнитьПередЗаписью(Объект, РежимЗаписиДокумента.Запись);

заходит в этот код, но...

(2) ты вот тут ответил на свой вопрос

(4) можно в типовых же правилах глянуть?
Или отладчиком.

да глянул - ничего не ставится там касательно счетов учета

(3) посмотрел сейчас на 3.0.40 - в процедуре СчетаУчетаВДокументах.ЗаполнитьПередЗаписью() есть строчка Отбор.Вставить("НеЗаполненныеРеквизиты", Истина);
если в объекте счета учета уже заполнены - они не перезаполнятся
попробуйте СчетаУчетаВДокументах.Заполнить(Объект, Неопределено)