Добрый день!
Можна настроить порядок выгрузки объектов в автообмене. Чтобы сначало проверили и выгрузились справочники и регистры с моего списка (забитый программно), а потом все остальные?

(0) Настрой два автообмена - один с твоим списком, второй - родной.

(0) Оно тебе не нужно. Если выгрузка целостная то все корректно загрузится. Независимо от порядка.
Единственно в модулях нужно проверить флаг "Загрузка"и если он = Истина не выполнять никаких проверок.

(2) если синхронизация не по гуиду, то порядок влияет

(0) Разбить на два этапа. В первом выгрузить то, что задумано "с моего списка", на втором этапе - все остальное.