Добрый день!
Как можно реализовать автообновление конфигурации из cf файла который лежит на ftp сервере по расписанию?

для начала - прочитать документацию по 1с

(1) Все желтые книжки что есть.

(2) зачем все?

Я рекомендую белый двухтомник.

(4) Он не белый, он синий с чёрным!

(4) А "Белый двухтомник" имеет название?

(6) Профразработка

(7) Чтоб типовухи обновлять нужно профразработку читать?

(8) чтобы автоматически - желательно.
Для ручного - не надо

база не типовая, с 0 написанная, филиалы раскиданы по всей стране, а обновлять надо с нашего сервера все базы по расписанию

Автоматизма можно добиться средствами виндус(Шедулёр)
Книга знаний: Cкрипт обновления на несколько релизов

(7) Спасиб!

(0) (в качестве бреда) Если у Вас *.cf", то можно не обновлять, а загружать.