Надо поправить налоговый учет.

Ручные операции уже отменили?

Нет, мне принцип непоннятен! Почему везде есть, а тут - нет?
С ручной операцией - криво, мы отвыкли.

wiki:Борщ

знания

И что, на курсах ответят на этот вопрос?

В настоящее время, флажка о корректировке регистров в документе "Начисление зарплаты" нет и не предвидится. Слишком много автоматических процедур завязано на данном документе в новой редакции, разработчики специально отняли у пользователей возможность корректировать регистры после проведения документа. - нашла такой ответ. Довольно туманно.
Если аккуратно поправить сумму налогового учета - вряд ли это чему-то помешает?

Как по-другому убрать в НУ резерв по отпускам?

добавь если надо

Добавила.