В настоящее время, флажка о корректировке регистров в документе "Начисление зарплаты" нет и не предвидится. Слишком много автоматических процедур завязано на данном документе в новой редакции, разработчики специально отняли у пользователей возможность корректировать регистры после проведения документа. - нашла такой ответ. Довольно туманно.
Если аккуратно поправить сумму налогового учета - вряд ли это чему-то помешает?