http://s1.radikale.ru/uploads/2014/12/1/f86fe5c8ab16d62391e779397ff3ec11-full.png

где это настраивается? Почему цвета в самой диаграмме и в списке справа разные, как тогда сопоставить какая строка к чему относится?

У тебя, скорее всего, перекрывающиеся интервалы.
Можно принудительно выставить нужный цвет сериям, интервалам и точкам.

(1) перекрытия там нет, эт точно

(1) можно пример кода в котором задается цвет?

(3) // Получаем диаграмму и запрещаем на время заполнения ее обновление.
// В случае большого объема данных это существенно ускорит выполнение.
//Диаграмма = ЭлементыФормы.ДиаграммаГанта;
Диаграмма.Обновление = Ложь;
Диаграмма.Очистить();

Диаграмма.ОтображатьЗаголовок = Ложь;
// Серия будет одна.
ТекущаяСерия = Диаграмма.Серии.Добавить();
// ТекущаяСерия=Диаграмма.УстановитьСерию("Тест-драйв");
  
// Интервал будем определять самостоятельно.
Диаграмма.АвтоОпределениеПолногоИнтервала = Ложь;
// Установить интервал.
Диаграмма.УстановитьПолныйИнтервал(ДатаНачала,ДатаОкончания);
  // подумать, как избежать умножения этих шкал
ЭлементМеток = Диаграмма.ОбластьПостроения.ШкалаВремени.Элементы.Добавить();  //добавляется много раз!!! Подумать!
ЭлементМеток.Единица = ТипЕдиницыШкалыВремени.Час;

// ЭлементМеток = Диаграмма.ОбластьПостроения.ШкалаВремени.Элементы.Удалить(ЭлементМеток);
// Заполняем диаграмму

Пока Выборка.Следующий() Цикл
  //Получить серию, точку и значение для них.
// ТекущаяСерия=Диаграмма.УстановитьСерию(Выборка.НачалоТестДрайва);
  ТекущаяТочка=Диаграмма.УстановитьТочку(Выборка.Имя);
  ТекущееЗначение=Диаграмма.ПолучитьЗначение(ТекущаяТочка,ТекущаяСерия);
  
  Если Выборка.Регистратор<>NULL Тогда
//Создать нужные нам интервалы в значении
     ТекущийИнтервал = ТекущееЗначение.Добавить();
  
  //Преобразование даты в число - потом подумаю
  ТекущийИнтервал.Начало =Выборка.НачалоТестДрайва;
  ТекущийИнтервал.Конец=Выборка.НачалоТестДрайва+3600;
  
  
  ТекущийИнтервал.Текст=Строка(Выборка.Сотрудник)+" "+Строка(Выборка.Контрагент)+" "+Строка(Выборка.Телефон);
  ТекущийИнтервал.Расшифровка = Выборка.Регистратор;
  КонецЕсли;
КонецЦикла;

Для Каждого Серия из Диаграмма.Серии Цикл
  Серия.Цвет =  WEBЦвета.Бирюзовый;
КонецЦикла;

  // Включаем обновление диаграммы.
Диаграмма.Обновление = Истина;

http://langslab.com/images/solutions/ch05/list5.1.jpg

Выборка = Запрос.Выполнить().Выбрать();
  Пока Выборка.Следующий() Цикл
    Точка = ДГ.УстановитьТочку(Выборка.Руководитель);
    Серия = ДГ.УстановитьСерию(Выборка.Заместитель);
    Серия.Цвет = WebЦвета.Бирюзовый;
    
    Значение = ДГ.ПолучитьЗначение(Точка, Серия);
    Интервал = Значение.Добавить();
    Интервал.Начало = Выборка.ДатаНачалаЗамещения;
    Интервал.Конец = Выборка.ДатаОкончанияЗамещения;  
  КонецЦикла;


цвет поменялся только в списке справа, сама диаграмма осталась со своими цветами (

ку

(1) да, как оказалось это перекрытие, я просто не знал что оно из-за этого цвет меняет, даже если серии разные но в этом же периоде, цвет меняется. Фигово (

(8) Есть свойство ЦветПерекрытия

(9) свойство чего?
СП про ЦветПерекрытия ничего не знает