Похожая проблема описана http://1c-pro.ru/threads/server-1s-predprijatija-ne-obnaruzhen-reguljarnyj-obryv.40651/

У меня отличие в том что сервер работает под ОС WinServ 2003, 1с 8.2.19. Часто бывают ситуации что добавляются  рабочие процессы сами по себе или наоборот удаляются. Приходится перезапускать сервер 1С

(0) Это у всех почти так.
1. Ребут сервера каждую ночь.
2. Переход на 64.

(1) 1с сервер x64

8.2.19.76
такой проблемы уже нет, ищи утечки памяти в конфе

(0) Там же в конце ветке по ссылке решение описано. Не помогло?

hasp restart

v8: Вылетает сервер 1с